Pliki fastq zawierają odczyty dla wybranego chromosowmu kury (Gallus gallus)
Dane zostały przekonwertowane na podstawie: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA306810

W ramach projektu NGS należy:
1. Sprawdzić jakość odczytów
Jeżeli odczyty tego wymagają przycinamy programem trimmomatic (krok opcjonalny)

2. Przyrównać odczyty do genomu referencyjnego
Dane dla odpowiedniego chromosomu dla wersji 5 genomu kury pobieramy ze strony www.ensembl.org,
Zakładka Dowload DNA sequence dla danego gatunku.
Pobieramy plik dna (nie dna_rm ani dna_sm)

3. Mapowanie odczytów do genomu referencyjnego

5. Generujemy plik vcf

6. Wykonujemy adnotację

Wynik: Warianty w formacie vcf z adnotacją
W prezentacji powinny znaleźć się wybrane informację podsumowywujące z pliku html wygenerowanego za pomocą programu SnpEff
jak np. ilość wariantów z podziałem na typ, częśtość wariantów, ilość wariantów w poszczególnych kategoriach